在普通食品中的應用
1.殼寡糖可以優化人體腸道菌群，糾正腸道菌群失調，促進雙歧桿菌、乳桿菌等有益菌的生長繁殖，對腸桿菌及其它有害微生物具有抑殺作用。通過增強腸道有益菌的代謝功能，提高腸道內有益健康的優勢菌群的構成和數量，抑制有害菌的生長繁殖和腐敗物質的生成，從而增強人體的健康。
2.殼寡糖特別是殼二糖、三糖具有良好的保濕性和耐熱性，在人體內很難被消化液降解，也很少被消化道吸收，因而幾乎不產生熱量，是糖尿病人和肥胖病人理想的功能性用品。
3.殼寡糖具有許多親水的游離氨基和羥基，對水有很強的親和力和保留性，因而可用于果蔬食品的保鮮，起到保濕、增濕的作用。+
4.殼寡糖具有很好的防腐性能，可以作為食品防腐劑。殼寡糖的游離氨基帶有大量的正電荷，而微生物細胞表面帶負電荷，因此，殼寡糖很容易被微生物吸附。這樣就干擾了微生物細胞表面的帶電狀態，導致細胞通透性增加，胞內物質外泄，從而使微生物死亡。
5.殼寡糖可促進鈣的吸收，效果比乳糖、Vc更好。研究發現，聚合度為3一7的殼寡糖會增加鈣和其它礦物質的吸收。
6.殼寡糖具有調降血壓、消除脂肪肝、降低肝臟和血清中的膽固醇、抗腫瘤、增強機體免疫力等作用，因而可以作為保健食品或功能性食品添加劑。目前已將殼寡糖作為功能性食品成分應用于飲料、糖果、糕點等食品中，或直接加工成保健食品出售
乳制品
殼寡糖加入到乳制品中，其操作簡單，可按設計配方、按比例直接投料，對成品乳制品的感官特征等無不良影響，還能延長產品保質期。殼寡糖可以添加到液態奶、酸奶、乳飲料中開發具有功能性的乳制品。
添加殼寡糖，擴大了乳品的消費人群。促進了營養素的有效吸收，消除乳品中的抗生素帶來的不利影響；增加了益生菌群優勢，抑制有害菌群的發生，延長產品貨架期；增加了乳品的固形物含量，提高了產品的內在品質，增加了乳品的功能特性，使其由普通食品向健康食品邁進。
飲料
作為功能性食品原料，在相對較少的用量下就能起到相當明顯的保健效果。保證飲料仍然在現行的管理規范下生產，無需作大的調整，殼寡糖性狀穩定，高溫和酸性條件下較少分解，可以加到固體和液體飲料中，開發出具有保健功能的飲料。
其他食品
殼寡糖理化性質穩定，不受食品加工工藝的影響，口感無任何異味，高吸水性，可以防止食品過度干燥，不產生熱量，可以供糖尿病人群食用。可以在月餅、面包、糖果、口香糖、餅干、冰淇淋等多種食品中廣泛應用。
在保健食品中的應用
利用殼寡糖粉可以直接或與其它保健原料配合加工成膠囊、片劑、口服液、沖劑、膏劑等各類品種。在各種劑型品種中，殼寡糖的理化特性在通用操作規范下不受任何影響。